Le musée est situé rue Augustinergasse, en plein cœur de Bâle. Il abrite une impressionnante collection de plus de 11 millions d’objets provenant de tous les domaines de l’histoire naturelle, incluant des plantes, des animaux, des fossiles et des minéraux.

Les domaines spécialisés couverts sont la zoologie (étude des animaux), l’entomologie (étude des insectes), la minéralogie (étude des minéraux), l’anthropologie (étude de l’homme), l’ostéologie (étude des os) et la paléontologie (étude de l’histoire de la terre et des fossiles).