Das Museum befindet sich in der Augustinergasse im Herzen von Basel. Es beherbergt eine beeindruckende Sammlung von über 11 Millionen Objekten aus allen Bereichen der Naturgeschichte, darunter Pflanzen, Tiere, Fossilien und Mineralien.

Die bearbeiteten Fachbereiche sind die Zoologie (Tierkunde), die Entomologie (Insektenkunde), die Mineralogie (Mineralienkunde), die Anthropologie (Menschenkunde), die Osteologie (Knochenkunde) und die Paläontologie (Erdgeschichte und Fossilienkunde).